Wenn man vom Ortsnamen Kleinzell ausgeht, kann man bereits einige Anhaltspunkte zu einer möglichen Entstehungszeit gewinnen. Bei den Orten, die auf "-zell" enden, handelt es sich um Ansiedlungen, die nach einer (Kloster)Zelle benannt sind, und zwar um Niederlassungen von MÖnchen, die sich zum Zwecke der Christianisierung niederließen und bescheidene Missionsstationen oder Stützpunkte für Wandermönche bildeten. Die Mönche, die in Mitteleuropa Niederlassungen gründeten, um die heidnischen Völker und Stämme zum Christentum zu bekehren, kamen aus Irland und Schottland. Die iro-schottischen Mönche waren zunächst auf sich allein gestellt und mußten versuchen, durch eine meschenfreundliche Art die Ungläubigen für das Christentum zu interessieren, um mit ihnen friedlich zusammenleben zu können. Zur Unterstützung dieser Arbeit wurden aber nach wenigen Jahrhunderten auch in Europa Klöster gegründet, sobald es eben möglich war, Grund und Boden für die Niederlassungen zu erwerben. So entstanden neben den bereits im Land ob der Enns bestehenden Stiften (Mondsse 748, Kremsmünster 777 gegründet), die Schottenklöster, die in den Ständen gegründet wurden und speziell auf die Missionierung der Landbevölkerung ausgerichtet waren. Solche Schottenstifte entstanden um 1075 bei Regensburg, 1134 in Würzburg, 1137 in Erfurt, 1140 in Nürnberg und um 1160 in Wien.

Kleinzell als "cella ad mouhile" in der Urkunde von 1109 Einer der Patres, vielleicht ein P.Laurentius, aus einem dieser eben genannten Klöster, wahrscheinlich aus dem Schottenstift bei Regensburg, muß zwischen 1090 und 1100 mit der Gründung einer "Zelle" im oberen Mühlviertel begonnen haben.

Bereits im Jahr 1109 wird unser Ort schon erwähnt und mit dem Namen "cella ad mouhile", als "Zell an der Mühl", bezeichnet. Wenn mann bedenkt, dass von der Entstehung eines Ortes bis zu seiner ersten urkundlichen Erwähung einige Jahrzehnte vergehen können, kann man an der Entstehungszeit zwischen 1090 und 1100, jedenfalls vor 1109, durchaus festhalten. Da es sich hier gleichsam um die Geburtsurkunde von Kleinzell handelt, sei der Inhalt dieses Dokumentes kurz dargestellt. Eppo von Windberg, Graf von Formbach in Bayern, der eigenlich "von Harbach" hieß, der sich aber nach den Besitzungen rund um den Hansberg "von Windberg" nannte, war zu Beginn des 12. Jahrhunderts einer der einflußreichsten Männer des Mühlviertel. Eppo, dessen Burg zwischen St.Johann und St.Veit vermutet wird, behielt seinen Besitz aber nicht für sich, sondern schenkte ihn an das Stift St.Florian. Dies geschah, wohl als testamentarisches Vermächtnis, um oder vor 1109. Um dieser zweifellos großartigen Schenkung an die Augustiner-Chorherren noch mehr Glanz zu verleihen, ließ der Probst von St.Florian darüber eine Urkunde ausstellen. In disem Zusammenhang gelang es ihm, den Kaiser persönlich dafür zu gewinnen und dieser beurkundete die Schenkung durch das in Rede stehende Dokument. Kaiser Heinrich V. (1106-1125) bestätigte also am 4. November 1109 in Passau die Schenkung des Eppo, damit wurde dieses Rechtsgeschäft mit kaiserlicher Vollmacht bekräftigt und das Stift St.Florian konnte mit Fug und Recht als Eeigentümer auftreten und diesen Landstrich als seinen Besitz verwalten. Diese Schenkung bezog sich tatsächlich auf einen ganzen Landstrich. Als einziger Ort innerhalb dieses Gebietes wird "Cella ad mouhile" geannnt, also unser Kleinzell. Glanz und Herrlichkeit dieser Urkunde, die übrigens im Original erhalten ist und im Stiftsarchiv St.Florian Verwahrung findet, wird durch die Zeugen dieses Rechtsgeschäftes erneut unter Beweis gestellt. Probst Isimberg konnte hohe Kirchenfürsten zu Zeugen seiner Schenkung gewinnen: Den Erzbischof Fridrich von Köln, Bischof Ulrich von Passau (1092-1121), Bischof Burkhard von Münster in Westfalen, Bischof Hartwich von Regensburg und schließlich den Passauer Kanzler Albert. An weltlichen Fürsten gewann man zur Zeugenschaft den Herzog Welf von Bayern, Graf Hermann von Sachsen, Berengar von Sulzbach, Gottfried von Köln und andere. Die erlauchte Schar dieser Zeugen befand sich, wie die Urkunde ausdrücklich berichtet, im Gefolge des Kaisers, als dieser von Ungarn wieder zurückkehrte in die deutschen Länder und in Passau zu einem Reichstag Halt machte.